Goethes Faust weist eine sehr komplexe Struktur auf, die vom klassischen Dramenaufbau nach Aristoteles mit seinen fünf Akten und der Einheit von Ort, Zeit und Handlung stark abweicht. Die Leser folgen Faust auf seinem haltlosen Streben, ständig werden neue Charaktere eingeführt, der Handlungsverlauf wird oft gebrochen. Trotz diesem vielleicht unübersichtlichen Aufbau ist das Drama jedoch sorgfältig konstruiert. Bevor das eigentliche Drama beginnt, geben die Szenen Zueignung und Vorspiel auf dem Theater einen Überblick über die Entstehung des Werks. In der Zueignung reflektiert das lyrische Ich - vermutlich Goethe selbst - über den Schaffensprozess, der zur Entstehung des Faust führte, das Vorspiel auf dem Theater ist eine humoristische Szene, in der der Theaterdirektor, eine lustige Person und der Dichter selbst darüber sprechen, was ein Theaterstück leisten muss. Neben der künstlerischen Ausdruckskraft sind dies noch Unterhaltsamkeit und die Zufriedenstellung des Publikums (wobei der Direktor für die Betonung dieses Punkts vom Dichter scharf kritisiert wird). Die beiden Szenen gehören nicht zum Drama selbst und sagen auch nichts über dieses aus, sie sind vielmehr eine Einleitung oder eine Erklärung Goethes, wieso das Drama in dieser und keiner anderen Form vorliegt. Für ihn, der mehr als 30 Jahre am Faust gearbeitet hat, war dies vielleicht ein Herzensanliegen. Der Prolog im Himmel rahmt mit der letzten Szene das Drama ein. Er stellt die religiöse oder transzendente (= das Weltliche übersteigende) Ebene des Goethe‘schen Fauststoffs dar. Gott schließt mit Mephisto eine Wette ab, die zum Teufelspakt und damit zum bestimmenden Element des Werks führt, zudem wird der Charakter Faust zum ersten mal vorgestellt, bereits mit Betonung auf seine Ruhelosigkeit. Der Herr kommt erst wieder im Kerker zur Sprache, als er Gretchen erlöst und Faust vor der weiteren Komplizenschaft mit Mephisto bewahren will. Die Kerkerszene offenbart, wie sich der Charakter Faust durch die Wette Gottes verändert hat und schließt das Drama, obgleich mit sehr offenem Ende. Nach der „großen Welt“ des Prologs geht es in die „kleine Welt“ des Faust (nicht zu verwechseln mit Gretchens kleiner, da kleinbürgerlicher Welt), vom Göttlichen wechselt die Handlung zum Menschlichen. Doch diese menschliche Ebene der Handlung ist deutlich zweigeteilt: Die Szenen ab Fausts erstem großen Monolog in der Nacht bis zur Hexenküche bilden die erste von zwei größeren inhaltlichen Einheiten, nämlich die so genannte Gelehrtentragödie. Sie behandelt den Wissenschaftler Faust, seine Zweifel an Erkenntnis, Wissenschaft und dem Sinn des Lebens, seine Depression, seine Verdammung des früheren Lebens, seinen Wunsch nach Veränderung, das Erwachen des Stofftriebs, der den Formtrieb verdrängt und seinen daraus resultierenden Pakt mit Mephisto. Während die Gretchentragödie seit Goethes ersten Versuchen am Fauststoff zu den größten Teilen gleich geblieben ist, wurde die Gelehrtentragödie von Goethe erst zu einem späteren Zeitpunkt in ihre Form gebracht - sie verrät das Interesse des Goethes der Weimarer Klassik an der Wissenschaft, dem Streben des Menschen nach Erkenntnis und dem Wirken der Vernunft. Goethe schreibt hier über Themen, die zwar nicht weniger allgemeingültig sind wie die Liebe, doch eher „vergeistigte“ Menschen oder solche von umfassender Bildung ansprechen: Hier wird über den Sinn der Existenz an sich philosophiert, die Rolle der Wissenschaft erörtert, der Zustand der Welt beklagt (Anspielung auf die französische Revolution in der Hexenküche), theologische Fragen werden aufgeworfen. Auerbachs Keller und die Hexenküche gehören zwar zur Gelehrtentragödie, nehmen jedoch eine Sonderrolle ein. Auerbachs Keller treibt die Handlung nicht voran und ist eher eine satirische Szene, die das ausgiebige Feierleben mancher Studenten überzeichnet darstellt und Ausblick gibt auf die nie endende Neugier des Faust. Die Hexenküche beinhaltet zwar das Verabreichen des Verjüngungstranks an Faust und das Erscheinen der schönen Helena im Zauberspiegel, die schließlich zur Leidenschaft Fausts für Gretchen führen, doch besteht die Szene zu einem großen Teil aus grotesken Geschehnissen (Zauberspruch der Hexe, das Verhalten der Meerkatzen), die nichts mit der eigentlichen Handlung zu tun haben. Hiernach beginnt die zweite große inhaltliche Einheit des Faust, nämlich die bereits angesprochene Gretchentragödie. Sie behandelt Fausts Liebe zu Gretchen, ihren Weg in die soziale Schande und ihr Schicksal. Da sie bereits in jungen Jahren Goethes entstand, ist sie merklich vom Sturm und Drang geprägt. Sie behandelt Themen wie Liebe, Verantwortung, Lust und Moral, Beziehungen und Ständeunterschiede, die auch weniger „vergeistigte“ Menschen ansprechen. Der zweite große Monolog Fausts in Wald und Höhle spielt auf die Gelehrtentragödie an, zeigt aber auf, wie sich der Charakter Fausts gewandelt hat: Der Gelehrte ist nun jemand, der die Welt mit seinen Gefühlen erfährt, nicht mehr nur mit dem Verstand. Auch hier gibt es jedoch formale Brüche oder Variationen: Gretchens Lieder König in Thule, Meine Ruh ist hin und Ach neige, du Schmerzensreiche sind über den Fauststoff hinweg bekannt geworden. Mit Trüber Tag. Feld findet sich hier die einzige Szene der Tragödie, die noch in Prosa gehalten ist. Und die zwei Szenen Walpurgisnacht und Walpurgisnachtstraum stellen den größten Stilbruch des Werks dar. Beide Szenen stehen eigentlich außerhalb der Dramenhandlung, sie folgen lediglich Faust auf seinem Streben nach immer neuen Eindrücken. Man zählt sie zur Skandalliteratur, denn sie stecken voller sexueller Anspielungen, derber Wortwahl, unheimlichen und sich dem Verstand verschließenden Bildern und scharfen Seitenhieben auf Zeitgenossen Goethes - wieso Goethe diese Szenen in das Drama einbaute, wird noch heute diskutiert. Direkt auf dieses Zwischenspiel folgt die Katastrophe des Stücks, nämlich das Schicksal Gretchens.